Очень надёжной опцией является помещение исполняемого файла разборщика PHP где-нибудь вне дерева файлов web. В /usr/local/bin, например. Единственным недостатком этой опции является то, что вы теперь должны помещать строку вроде следующей:

#!/usr/local/bin/php

как первую строку любого файла, содержащего тэги PHP. Вы также должны сделать файл исполняемым. То есть рассматривать его так же, как любой другой CGI-скрипт, написанный на Perl или sh или любом другом языке скриптинга, который использует механизм замены #! оболочки для запуска самого себя.

Чтобы PHP корректно обрабатывал информацию PATH_INFO и PATH_TRANSLATED при такой установке, разборщик РНР должен быть скомпилирован с опцией конфигурации --enable-discard-path.